Mältning
Mältningen startar med att kornet blötläggs, det får ligga så några dagar, och därefter ska det torkas. Det kan göras på olika sätt. Antingen kan man göra på det traditionella sättet att torka den i en kölna (speciellt hus med pagodatak) där varm luft får strömma genom ett speciellt golv (mältningsgolv) samtidigt som man vänder på kornet med speciella spadar. Då eldar man torv eller kol under golvet i en stor ugn och låter den varma röken sippra genom golvet. Det ger malten en distinkt smak av rök. Det moderna sättet är att göra detta är att använda ugnar och maskiner för vändningen av kornet.

Värmen gör att kornet börjar jäsa och gro och stärkelsen omvandlas till socker. När kornet väl torkat och kylts lagras det innan det används vidare. Många destillerier har övergått från att mälta kornet själva till att köpa in från stora mälterier som ex Port Ellen Maltings på Islay. Laphroiag mältar t ex 10 % eget korn och köper 90 %. Glenfiddich köper 100 %. Balvenie tillhör de som alltjämt mältar allt sitt korn själva.

Mäskning
Nu mals kornet till en mjölliknande konsistens, gröpe (eng. grist). Den blandas med hett vatten i stora mäskkar (eng. mashtun). Första vattenbadet är vid ca 60 grader och sedan ökar temperaturen vid de två efterföljande baden. På detta sätt tas sockret om hand och resterande stärkelse omvandlas till socker. Moln av ånga stiger upp från mäskkaren och fyller luften med den mycket speciella och skarpa doft som omger alla destillerier. Vattnet från de två första baden går vidare till ett jäskar. Medan det tredje badets vatten återanvänds vid första badet vid nästa mäskning. Vätskan som nu finns i jäskaret kallas vört och innehåller inte någon alkohol.

Jäsning
Nu tillsätter man färsk jäst och låter vörten jäsa i jäskar (eng. washback). Dessa kan vara av trä eller rostfritt stål. T ex använder Laphroaig rostfritt stål och Glenfiddich trä (se bild). Vilket som är bäst för smaken är ovisst. Storleken varierar från 6 000 upp till 45 000 liter. Vörten och jästen fyller jäskaren upp till en halv meter från kanten. Anledningen till detta blir uppenbar då jästen verkar på sockret som omvandlas till alkohol och frigör en stor mängd koldioxid. Detta gör att vörten börjar bubbla och skumma intensivt samtidigt som temperaturen stiger. Efter två till tre dagar lugnar den febrila aktiviteten ned sig och jästen har slutfört sitt arbete. Efter jäsningsprocessen kommer alkoholhalten att vara ca 5-8 %.
Så här långt är processen identisk med den som används när man tillverkar öl, men här skiljs whiskytillverkningen från ölbryggningen. Den grumliga brygden hälls i kopparpannor (potstills) för att bli whisky (lagligt får den inte kallas whisky förrän den lagrats minst tre år på ekfat, två i USA).

Destillering
Maltwhisky destilleras oftast två gånger i kopparpannor, vars karakteristiska form blivit symbolen för whiskydestillerier. Mäsken destilleras en första gång till en sprit med ungefär 20 - 26 % alkoholhalt i den så kallade mäskpannan (eng. wash still). Resultatet kallas för 'low wines and feints'. Det destilleras en gång till i en nästa panna, spritpannan (eng. spirit still). Det som kommer ut ur den kallas för Britthish Plain Spirit och förkortas ofta som bps. Alkoholhalten på den spriten brukar ligga på cirka 70%.
Koppar anses vara den bästa metallen att bygga pannorna i, det är lättarbetat, klarar av rostangrepp och leder värme bra. Kopparen nöts av processen och därför måste tjockleken kontrolleras med jämna mellanrum. Formen på destilleringskärlen är mycket viktig, eftersom den bestämmer hur mycket av de oönskade ämnen/partiklar som sjunker tillbaka, och hur mycket av de önskade som släpps igenom. Vissa destillerier (bland annat Auchentoshan) destillerar även en tredje gång.

Efter den första destilleringen är det destillatörens (eng. stillman) ansvar att spriten från mäskpannan till spritpannan blir lyckad och ett misstag behöver inte märkas förrän långt senare när whiskyn har mognat. Flödet styrs med kranar på sidan av en 'spirit safe' och genom fönstren på denna kan destillatören kontrollera spritens utseende. Detta är av stor betydelse då den första delen av destillatet, så kallat 'foreshots' (eller 'head'), är orent och giftigt och måste hållas separat. Destillatören tittar noggrant medan den färglösa vätskan forsar förbi efter tecken på att 'middlecut' (eller 'heart'), dvs den delen som används till lagring kommer. Med en snärt på kranen leder han den till ett annat kärl innan den blir för svag och övergår till det som kallas 'feints' (eller 'tail'). Både 'foreshot' och 'feints' blir återanvända medan 'middlecut' går vidare till lagring. Hur mycket man väljer att ta som 'middlecut' varierar, destillerier som Glengoyne och Aberlour tar tidigt, 73% respektive 71%. Under slutet av 'middlecut', cirka 60%, börjar sent förångade och rökluktande ämnen som t ex finkeloljor uppstå vilket man tar med hos de något kraftigare och rökigare destillerierna Laphroaig, Ardbeg och Caol Ila.

Lagring
Efter destilleringen är det dags att fylla destillatet i ekfat. De flesta destillerier använder begagnade sherry- eller bourbonfat. Macallan lagras dock nästan uteslutande på begagnade sherryfat som endast använts för att lagra sherry i tidigare. Fatlagringen resulterar även i att whiskyn får sin karaktäristiska färg. Under lagringen färgas den av ligniner och tanniner i träet. Beroende på vad som lagrats i faten tidigare får olika whiskys olika färg. Sherryfat ger en mörkare färg. Vissa brukar tillsätta färgämnet E150 för att göra färgen mer visuellt tilltalande. Det är vanligast i blended men förekommer även i single malt. Spriten är lagligt sett inte skotsk whisky förrän den har lagrats i minst tre år på fat.

Under lagringen avdunstar en del av alkoholen genom ekfaten. Den förlorade mängden alkohol, kallad 'the Angels Share', uppskattas till cirka 2% per år. Lagring är den process som ger whiskyn mest smak. På senare tid har experimentviljan exploderat och väldigt många olika varianter existerar. När man talar om att en whisky har en finish kan den vara lagrad på bourbon i tio år för att t ex avslutas på ett portvinsfat. Hög ålder ger dock oftast en fylligare, "snällare" och mer balanserad karaktär, medan en ung whisky brukar vara mera spritig och burdus. Att låta whisky lagras för lång tid på fat kan inverka negativt på slutresultatet, då det är få fat som klarar av lagring uppemot 30-40 år.

Buteljering
Innan whiskyn kan tappas på flaska ska den spädas med vatten till önskad styrka, vanligtvis 40, 43 eller 46 %. En del buteljeringar späds inte utan de tappas direkt på flaska, Cask Strength eller Raw Cask. Det ger en mycket stark whisky som med fördel avnjuts med några droppar vatten. En annan beteckning kan vara Single Cask, då kommer flaskans innehåll från en enda tunna. Vid buteljering kylfiltreras whiskyn oftast för att enklare uppnå en konsistent smak. Det tar även bort små partiklar som innehåller smakämnen. På vissa flaskor kan det stå ”unchill-filtered” och då har man valt att inte kylfiltrera whiskyn. De flesta destillerier skeppar sina tunnor till stora buteljeringsfabriker. Glenfiddich, Bruichladdich och Springbank tillhör de få som faktiskt buteljerar sin whisky på samma ställe som whiskyn tillverkas samt använder samma vatten som den görs av! Många destillerier säljer tunnor till företag och privatpersoner som gör egna buteljeringar. Några stora företag är; Signatory, Murray & McDavid, Cadenheads, Gordon & MacPhail och Douglas Laing.